会社の代表者の親族からの借り入れについて、迷惑を掛けたくないので、弁済してもいいのでしょうか。

ダメです。会社が支払不能となっている以上、債権者平等の原則により、破産手続による平等弁済だけが認められることとなります。仮に秘密裏に返済したとしても、後に発覚すれば、管財人により弁済の効力を否認され(否認権行使)、親族から弁済した金員を取り戻されることとなります。また、代表者個人が破産申し立てをしていた場合、免責不許可事由として考慮されることがあります。